| 講演抄録／キーワード |
| 講演名 |
2013-03-15 16:50
蛋白質ポケットとアミノ酸間の距離分布分析
○三好真紀子・伊藤貴之・由良 敬（お茶の水女子大） |
| 抄録 |
（和） |
人体の主成分である蛋白質は，アミノ酸が多数連結して複雑に折りたたまれることで，固有の立体構造を形成する．薬は蛋白質表面上の窪み（ポケットと呼ぶ）に入り込みやすいことが知られている．そこで我々は，薬との親和性と，アミノ酸のポケット内で位置関係がどのように関係しているか分析している．その一環として本報告では，ポケットとアミノ酸の距離分布分析のための可視化ツールを提案する．本手法では，蛋白質表面形状から抽出された各ポケットに対して最深部を求め，アミノ酸を構成する各原子との距離を算出し，その分布を可視化する．本報告では可視化結果から得られた傾向を示し，その生物学的解釈の可能性について推察する． |
| （英） |
Protein is the major component of the organism. It has a unique typical three-dimensional structure determined by the sequence of, amino acids. A hole (pocket) on the surface of a protein is known to be the best target for a drug to react. We started analyzing how "druggability" of proteins related to the locations amino acids in a pocket. For a starter of this study, this paper presents a visualization tool for distance distribution analysis between two types of amino acids in a pocket. When protein surface is provided by triangular meshes, this tool first identifies a pocket from the protein surface, specifies the deepest position of the pockets, and calculates distances between atoms of an amino acid and the deepest positions of the pocket. This tool then visualizes the distribution of the distances by scatterplots. This paper proposes the a biological interpretation of the visualization results. |
| キーワード |
（和） |
可視化 / 蛋白質 / アミノ酸 / 距離分布分析 / ポケット抽出 / / / |
| （英） |
Visualization / Protein / Amino acid / Distance distribution analysis / Pocket identification / / / |
| 文献情報 |
映情学技報, vol. 37, pp. 243-246, 2013年3月. |
| 資料番号 |
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| 発行日 |
2013-03-08 (AIT) |
| ISSN |
Print edition: ISSN 1342-6893 |
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