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講演抄録/キーワード
講演名 2013-03-15 16:50
蛋白質ポケットとアミノ酸間の距離分布分析
三好真紀子伊藤貴之由良 敬お茶の水女子大
抄録 (和) 人体の主成分である蛋白質は,アミノ酸が多数連結して複雑に折りたたまれることで,固有の立体構造を形成する.薬は蛋白質表面上の窪み(ポケットと呼ぶ)に入り込みやすいことが知られている.そこで我々は,薬との親和性と,アミノ酸のポケット内で位置関係がどのように関係しているか分析している.その一環として本報告では,ポケットとアミノ酸の距離分布分析のための可視化ツールを提案する.本手法では,蛋白質表面形状から抽出された各ポケットに対して最深部を求め,アミノ酸を構成する各原子との距離を算出し,その分布を可視化する.本報告では可視化結果から得られた傾向を示し,その生物学的解釈の可能性について推察する. 
(英) Protein is the major component of the organism. It has a unique typical three-dimensional structure determined by the sequence of, amino acids. A hole (pocket) on the surface of a protein is known to be the best target for a drug to react. We started analyzing how "druggability" of proteins related to the locations amino acids in a pocket. For a starter of this study, this paper presents a visualization tool for distance distribution analysis between two types of amino acids in a pocket. When protein surface is provided by triangular meshes, this tool first identifies a pocket from the protein surface, specifies the deepest position of the pockets, and calculates distances between atoms of an amino acid and the deepest positions of the pocket. This tool then visualizes the distribution of the distances by scatterplots. This paper proposes the a biological interpretation of the visualization results.
キーワード (和) 可視化 / 蛋白質 / アミノ酸 / 距離分布分析 / ポケット抽出 / / /  
(英) Visualization / Protein / Amino acid / Distance distribution analysis / Pocket identification / / /  
文献情報 映情学技報, vol. 37, no. 17, AIT2013-110, pp. 243-246, 2013年3月.
資料番号  
発行日 2013-03-08 (AIT) 
ISSN Print edition: ISSN 1342-6893  Online edition: ISSN 2424-1970
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研究会情報
研究会 AIT IIEEJ AS  
開催期間 2013-03-15 - 2013-03-15 
開催地(和) 慶應義塾大学 日吉キャンパス 来往舎 
開催地(英) Keio Univ. 
テーマ(和) 映像表現・芸術科学フォーラム2013 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 AS 
会議コード 2013-03-AIT-IIEEJ-AS 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 蛋白質ポケットとアミノ酸間の距離分布分析 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Distance Distribution Analysis in Pockets among Amino Acids 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 可視化 / Visualization  
キーワード(2)(和/英) 蛋白質 / Protein  
キーワード(3)(和/英) アミノ酸 / Amino acid  
キーワード(4)(和/英) 距離分布分析 / Distance distribution analysis  
キーワード(5)(和/英) ポケット抽出 / Pocket identification  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 三好 真紀子 / Makiko Miyoshi / ミヨシ マキコ
第1著者 所属(和/英) お茶の水女子大学 (略称: お茶の水女子大)
Ochanomizujosi University (略称: Ochanomizujoshi Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 伊藤 貴之 / Takayuki Itoh / イトウ タカユキ
第2著者 所属(和/英) お茶の水女子大学 (略称: お茶の水女子大)
Ochanomizujosi University (略称: Ochanomizujoshi Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 由良 敬 / Kei Yura /
第3著者 所属(和/英) お茶の水女子大学 (略称: お茶の水女子大)
Ochanomizujosi University (略称: Ochanomizujoshi Univ.)
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講演者
発表日時 2013-03-15 16:50:00 
発表時間 90 
申込先研究会 AS 
資料番号 ITE-AIT2013-110 
巻番号(vol) ITE-37 
号番号(no) no.17 
ページ範囲 pp.243-246 
ページ数 ITE-4 
発行日 ITE-AIT-2013-03-08 


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